Le résultat de la dernière recherche de l'Institut Pasteur: le COVID-19 en France ne serait pas venu de Chine

Le 28 avril, l'Institut Pasteur a déposé un document de presse suite à l'étude sur “Introductions et circulation initiale du SRAS-CoV-2 en France”. Les résultats seront présentés prochainement dans une prépublication sur le site bioRxiv.org.

Selon cette étude, l'épidémie de COVID-19 qui a éclaté en France n'a pas été introduite par les cas importés de la Chine en janvier, ni de l'Italie, mais plutôt d'une souche circulant localement dont l'origine restait inconnue. L'étude a été codirigée par Sylvie van der Werf, responsable du Centre National de Référence Virus des infections respiratoires et Etienne Simon-Lorière, responsable de l'unité Génomique évolutive des virus à ARN à l'Institut Pasteur.

Selon le document de presse de l'Institut Pasteur, suite à l'apparition du COVID-19 à Wuhan en décembre 2019, la France a commencé la surveillance génomique du virus le 10 janvier, supervisée conjointement par l'Institut Pasteur et le Centre National de Référence Virus des infections respiratoires.

Le premier cas de contamination au nouveau coronavirus en France a été signalé le 24 janvier. C'était aussi le premier cas de contamination en Europe. Deux autres patients en provenance de la Chine ont été très vite testés et hospitalisés. Le gouvernement français a rapidement pris des mesures pour suivre les personnes en contact étroit avec ces patients, de manière à endiguer la propagation du virus. Les cas importés de la Chine en janvier n'ont pas entraîné la transmission locale en France, soulignant l'efficacité des mesures prises par la France pour empêcher la propagation du virus.

Les échantillons du nouveau coronavirus prélevés par la France sont stockés dans le Centre National de Référence Virus des infections respiratoires. L'unité Génomique évolutive des virus à ARN à l'Institut Pasteur a effectué le séquençage génétique et la comparaison sur 97 échantillons de virus prélevés en France.

Les échantillons sont principalement les frottis nasaux et les crachats, prélevés entre le 24 janvier et le 24 mars. Durant cette période, il y a eu 22302 cas confirmés et 1100 décès en France. L'épidémie s'est concentrée au nord de la France.

Tous les échantillons ont été prélevés sur les cas confirmés présentant des symptômes cliniques. D'ailleurs, l'origine, l'historique de voyage, la date de déclenchement de symptômes, la charge virale et l'endroit de prise d'échantillon sont pris en compte pour effectuer la comparaison génétique. Trois échantillons de virus ont été pris en Algérie.

L'Institut Pasteur a comparé les échantillons de séquences testées en France avec 338 séquences du nouveau coronavirus publiées par la plateforme du “Global initiative on sharing all influenza data” (GISAID), afin d'analyser et de tracer le virus et de constituer l'arbre généalogique du virus.

La comparaison relève que le virus prédominant en France et le virus des cas importés de la Chine en janvier ne proviennent pas de la même souche. Les deux virus proviennent du même “ancêtre", mais appartiennent aux variétés différentes. Le principal clade (un groupe génétique) qui a causé l'épidémie en France est différent de celui des cas importés de la Chine et de l'Italie.

Parmi les échantillons du virus prédominant en France actuellement, la séquence la plus précoce de ce clade, du 19 février 2020, correspond à un cas qui n'avait pas voyagé hors de France auparavant et n'avait pas non plus été en contact avec des personnes de retour de l'étranger. Après le décès de ce patient le 25 février, il y a une vague de cas en France, ce qui signifie que le nouveau coronavirus en France provient d'une famille qui remonte loin dans l'histoire et qu'il se différencie catégoriquement des cas à Wuhan en Chine.

Compte tenu de ces résultats, l'Institut Pasteur a indiqué que, comme le premier représentant de ce clade n'avait pas d'historique de voyage, cela signifiait que bien avant la vague de cas de COVID-19 en Europe en février, le virus avait déjà circulé silencieusement en France et dans d'autres pays européens. En plus, puisque la plupart des cas étaient asymptomatiques ou présentaient des symptômes légers, ils n'ont pas été détectés pendant longtemps. Ces travaux ont donné des pistes pour tracer le virus en France, et ont souligné le défi auquel sera confronté l'endiguement du virus compte tenu de l'existence massive des cas asymptomatiques.

L'Institut Pasteur a indiqué qu'à cause de l'échantillonnage encore partiel dans de nombreux pays, il était ainsi impossible d'estimer précisément l'origine ou le timing de l'introduction du virus en France.

Etienne Simon-Lorière a dit : “D'après nos premières constatations, au vu des souches séquencées, la propagation du virus en France est associée à des cas asymptomatiques. Aujourd'hui, il est important de séquencer de nouvelles souches dans différentes régions, afin de mieux comprendre le déplacement du virus en France.”